1936-1946: Vom Luftgaukommando zum US-Airport

Im Sommer flog die ÖLAG täglich Budapest-Wien-Salzburg-München-Zürich in beiden Richtungen. Dieser Kurs wurde in Betriebsgemeinschaft mit der Deutschen Lufthansa und der ungarischen Malert mit JU-52 Flugzeugen geflogen. Dazu kam ab Juni der Pendelverkehr Salzburg-Innsbruck mit Junkers F-13.

Modernisierungspläne

Kaum hatte Österreich am 12. März 1938 als selbständiger Staat zu bestehen aufgehört, veröffentlichten die neuen Machthaber Modernisierungspläne für den Salzburger Flugplatz. Geschrieben wurde vom Ausbau der bestehenden Landewiese und dem Neubau eines großen Flughafens nordwestlich davon, die Trasse der Reichsautobahn berührend. Bei einem Besuch Hermann Görings 1938 wurde das Modell eines neuen Salzburger-Großflughafens gezeigt. Die Lufthansa, die zusammen mit SABENA London-Brüssel-Frankfurt-München-Wien flog, landete während des Sommers 1938 bei Bedarf in Salzburg. 
Für den Sommerflugplan 1939 war die Neueinführung der Strecken Berlin-Prag-Salzburg-Venedig und München-Salzburg-Klagenfurt-Laibach-Rijeka vorgesehen.

Neugründung

Im zivilen Verkerhsflug hatte Salzburg Airing bei Freilassing überholt. Grund: Am Flughafen Ainring wurde die Deutsche Forschungsgesellschaft für Gegelflug errichtet. Diese Institution dient ausschließlich militärischen Zwecken und hatte kaum Platz für Zivilflüge.
Am 22. Juni 1939 wurde die Salzburger Flughafengesellschaft seitens des Reichsluftfahrtministeriums zu 80 % und der Stadt Salzburg zu 20 % gegründet. Bei Kriegsausbruch am 1. September 1939 wurde der Salzburger Flughafen beschlagnahmt und dem Luftgaukommando XVII in Wien unterstellt. Als von der Wehrmacht benützter Zivilflughafen war Salzburg anfangs bevorzugter Anflugplatz für Flugschüler. Mit 19. November 1940 wurde dann die zivile Strecke Nr. 31 München-Wien eingestellt. 1943 wurde der Salzburger Flughafen dem Luftgaukommande VII in München unterstellt.
Im Herbst 1944 tauchte das neu entwickelte Düsenjagdflugzeug Me-262 auf. Als am 16. Oktober 1944 amerikanische Flugzeuge erstmals die Stadt Salzburg bombardierten und anschließend noch fünfzehnmal Angriffe auf die Stadt flogen, blieb der Flughafen im Gegensatz zur Innenstadt unbeschädigt.

Ausbau des Flugfeldes

Von den Deutschen wurde das Flugfeld auf 80 Hektar erweitert, die Start- und Landepiste 10/28 betoniert, ein großer Hangar mit 35 Metern Frontlänge im Bereich Kugelhof und ein kleiner Hangar beim Karolingerwald gebaut, die Flugsicherungsanlagen verbessert und das Treibstofflager auf 50.000 Liter vergrößert. Der Salzburger Flughafen war in den letzten Kriegstagen Sammelplatz für die Flugzeuge der NS-Parteigrößen, Generäle und Piloten. Die Reihe der Flugzeugtypen reichte von der Focke-Wulf Fw 200 Condor, Fw 190 D-9, Messerschmitt Me 109, Arado Ar 96 und Fieseler Fi 156 Storch bis hin zu den ersten serienmäßig hergestellten Düsenflugzeugen der Welt - der Me 262. Von diesen 26 Turbo-Jägern Me 262 landete einer abseits der anderen Jäger in einem großen Kieshaufen. Dieses Flugzeug entging der Zerstörung und wurde später von den Amerikanern zerlegt in die USA transportiert. Mit der Kapitulation der deutschen Wehrmacht am 8. Mai 1945 wurde der Salzburger Flughafen auch offiziell von den Amerikanern übernommen.